با توجه به حجم بسیار زیادی که فاضلاب بهداشتی انسانی در جهان امروز پیدا کرده است باعث شده تصفیه فاضلاب از اهمیت بسیار زیادی برخوردار شود؛ چرا که تخلیه آن می تواند صدمات جبران ناپذیری را به محیط زیست وارد کند و از سوی دیگر اگر عمل تصفیه فاضلاب بهداشتی انسانی صورت پذیرد، می تواند با باز چرخانی آب به چرخه مصرف کمک شایانی به بحران کم آبی و رونق کشاورزی و اقتصادی در هر کشوری بنماید. برای تصفیه فاضلاب، می توان از سه روش کلی استفاده کرد. این سه روش عبارت است از:

1- روش فیزیکی : این روش از اولین روش ها در تصفیه فاضلاب بهداشتی بوده و به دلیل سادگی فرایند در جداسازی مواد از نیروی آن استفاده می شود. روش فیزیکی هزینه کمتری نسبت به دیگر روش ها داشته به همین علت در بیشتر مواقع از این روش تصفیه استفاده می شود. این روش شامل: آشغالگیری، دانه گیری، ته نشینی، فیلتراسیون، چربیگیری و شناورسازی می باشد.

2- روش شیمیایی : این روش نسبت به روش فیزیکی پیچیده تر می باشد. در روش شیمیایی با استفاده از مواد و واکنش های شیمیایی، فرایند جداسازی یا تبدیل مواد صورت می گیرد. پیچیدگی این روش باعث شده است که بهره برداری از روش شیمیایی مشکل تر باشد و در نتیجه کمتر از این فرایند در سیستم تصفیه استفاده شود. 

3- روش بیولوژیکی : در این روش با استفاده از میکروارگانیسم‌ها مخصوصا باکتری ها در تصفیه فاضلاب بهداشتی انسانی استفاده می شود؛ چرا که مواد آلی موجود در آن فاضلاب را جذب می کند و از آن برای تکثیر سلول و کسب انرژی استفاده می نمایند. با توجه به اینکه به تنهایی نمی توان با استفاده از یکی از روش های گفته شده، فاضلاب را تصفیه کرد، با تلفیقی از تمام روش های فوق در تصفیه فاضلاب های انسانی مورد استفاده قرار می گیرد.